Comisiones Permanentes
Las comisiones permanentes estudian y dictaminan asuntos relativos a las labores sustantivas del Consejo, y cada una está integrada por al menos dos consejeros directores de centros o institutos, dos consejeros directores de escuelas o facultades, dos consejeros profesores, dos consejeros investigadores, dos consejeros alumnos y el coordinador del Consejo.
Comisiones Especiales
Las comisiones especiales son las que el propio Consejo designa para estudiar y dictaminar otros asuntos de su competencia, y tienen la duración y las funciones que el Pleno determina. Algunas de éstas pueden incluir expertos designados por el propio Consejo, quienes tienen carácter de asesores invitados.